荧光花菁染料是一类有机功能染料，并由奇数个碳原子组成共振次甲基（甲川基）共轭链并被两个含氮杂环封端构成的一类共轭有机小分子体系。
因此其具有摩尔吸收系数高、光谱范围广、摩尔吸光系数大、荧光量子产率较高等特性。花菁染料与现有的其它荧光标记试剂如罗丹明、荧光素相比，花菁染料的类型多，发光分布在350nm到1200nm的区域中，具有可比性和选择性。它们与生物分子键合后的活性衍生物能同时测试多种物质。菁染料具有荧光强度大、光稳定性高、灵敏度高、易溶于水等特性，并且用作生物实验时具有组织穿透能力和对生物组织损伤小等特点。
花菁染料的物质CY3、CY5均是常用于分子标记的荧光标记试剂，此类物质由于荧光强度高、稳定性强，用于蛋白、抗体、核酸及其他生物分子的标记和检测。
同时，花菁染料的吸收波长较大，λ的数值都会超过600 nm。同样，通过引入不同的基团，对菁染料的母体结构有很大影响，从而改变菁染料的光谱性质。另外，菁染料的荧光量子效率相比其他染料较低。
花菁染料通常都是疏水，为了增加这类染料的亲水性，我们往往会引入强亲水性的磺酸基团来改善其水溶性，Cy5 NHS ester（疏水性），Sulfo-Cy5 NHS ester（亲水性）。非磺化花菁和磺化花菁。对于许多应用，它们是可互换的，因为它们的光谱特性几乎相同。磺化和非磺化染料均可用于标记生物分子，例如DNA和蛋白质。染料之间的区别在于它们的溶解度：磺化染料是水溶性的，并且它们在水性环境中不使用有机助溶剂进行标记。
花菁染料相关产品（包括但不限于）：
CY3-COOH
CY3-NHS
CY3-SH
CY3-NH2
CY3-N3
Cy3-Hydrazide
CY3-DBCO
Cy3-Tetrazine
Cy3-TCO
Cy3-PEG-NH2
Cy3-PEG-SH
Cy3-PEG-Biotin
Cy3-PEG-NHS
Cy3-PEG-Mal
Cy3-PEG-DSPE
Cy3-PEG-FA
Cy3-PEG-DBCO
CY5-COOH
CY5-NHS
CY5-SH
CY5-NH2
CY5-N3
Cy5-Hydrazide
CY5-DBCO
Cy5-Tetrazine
Cy5-TCO
Cy5-PEG-NH2
Cy5-PEG-SH
Cy5-PEG-Biotin
Cy5-PEG-NHS
Cy5-PEG-Mal
Cy5-PEG-DSPE
Cy5-PEG-FA
Cy5-PEG-DBCO
CY7-COOH
CY7-NHS
CY7-SH
CY7-NH2
CY7-N7
Cy7-Hydrazide
CY7-DBCO
Cy7-Tetrazine
Cy7-TCO
Cy7-PEG-NH2
Cy7-PEG-SH
Cy7-PEG-Biotin
Cy7-PEG-NHS
Cy7-PEG-Mal
Cy7-PEG-DSPE
Cy7-PEG-FA
Cy7-PEG-DBCO
