氟硼二吡咯BODIPY类染料作为一种常见的近红外荧光染料，具有摩尔消光系数高、荧光量子产率高、光稳定性好、结构易于修饰、不易受环境溶液pH影响等优点。
氟硼二吡咯(BODIPY)类荧光染料具有良好的光化学物理性能，主要体现在以下几个方面：
(1)具有较高的荧光量子产率，有些衍生物的量子产率其至可以到达1。其他类荧光染料在水中荧光容易被水分子淬灭，而这类染料当中一些衍生物，在水中依然保持高量子产率的特性，不会被水分子将荧光淬火。
(2)具有很高的摩尔消光系数，有很好的光敏性能，这使其便于在生物分析领域方面的应用。
(3)具有非常稳定光谱性质，不易受到溶剂极性和pH值的影响。染料分子对环境及极性溶剂不敏感，这使得染料可以应用在生物体内的环境中。
(4)荧光光谱峰宽较窄，这样使得染料有非常高灵敏度，即使是待测的样品溶度非常低，荧光探针分子也能够用显著的荧光变化探测出样品。
(5)分子结构中不含离子电荷。这样避免了因为电荷的存在导致染料分子与溶液中其它离子间静电相互作用的可能，减少了干扰源。
(6)相对分子质量比较小，而且它们的细胞毒性也比较低，这就大大促进了此类染料在生化分析与疾病诊断上的应用。
