花菁3（Cy3）染料可用于标记生物分子，用于荧光成像和其他基于荧光的生化分析，可标记肽，蛋白质和寡核苷酸等。
Cy3 (Cyanine 3) 是一种发光的花青素染料，它发红色荧光，对pH不敏感，并且处在肉眼较敏感的可见光区，在绝大多数荧光仪器上都可使用。
花菁染料是一种发红色荧光的荧光染料，其可用来标记蛋白、抗体、多肽、核苷酸分子等，常用于生物成像、细胞检测
ICG（Indocyanine Green），吲哚菁绿CAS:3599-32-4是一种三碳菁染料，具有良好的水溶性，分子量为775，激发波长：780nm左右，发射波长：800nm左右。
Sulfo-Cyanine3 maleimide水溶性硫醇反应性黄色发光染料。可用于在轻度纯水性条件下标记抗体和其他不稳定蛋白质。染料是水溶性的，不需要使用有机助溶剂。
Cy3 (Cyanine3) 是一个传统的蛋白质和核酸的橙红色荧光标记物。Cy3一般偏脂溶性，水溶性较低，在水相标记反应时常常需要使用有机共溶剂，常用有机溶剂包括DMF，DMSO和乙腈等。
硅基罗丹明是近年来报道的一类具有优异光物理性质的近红外荧光染料,其激发波通常长大于600 nm,且发射波长位于近红外区(约680 nm),在荧光检测和成像中得到了广泛的应用。
硅基罗丹明是一种具有优异光物理性质的近红外荧光染料，具有优异光物理性质,在保留了罗丹明荧光染料优越的光学性质的同时,光谱发生明显红移,满足了近红外荧光检测的要求。
FITC为黄-橙色粉末，激发波长在494 nm左右，发射波长520 nm左右，发绿色荧光。具有高吸收率、优良的荧光量子产率和良好的水溶性等特点，可用于荧光追踪。
TAMRA炔烃用于点击化学，纯5-异构体。TAMRA (TMR，四甲基罗丹明)是一种黄烷染料。它与荧光素形成一对FRET。
