Cyanine菁染料是近红外荧光染料中常用的一类荧光染料，细胞和组织的自发荧光在近红外波段小，能提供高的特异性和灵敏度，菁染料是二个非区域电荷的氮原子通过聚合搭桥的方式形成的一种分子，以下图片解析：
由于Cy染料的结构式特点，他们往往有着高的消选光系数，数值达100,000Lmol-1cm-1
Cy系列的荧光染料我们一般分为磺酸化菁染料和非磺酸化菁染料non-sulfonated cyanines, and sulfonated cyanines。他们的光谱性质基本相同，和蛋白、小分子修饰反应也几乎是一样的，唯一不同的在于他们的溶解性，非磺酸化菁染料是脂溶性的，磺酸化菁染料是水溶性的，结构式上也会有些不同。
Non-sulfonated cyanines非磺酸化菁染料包括以下：
Cy3.5 alkyne、Cy3 azide、Cy3 carboxylic acid、Cy3 NHS ester、Cy5 amine、Cy5 maleimide
Cyanine3 alkyne azide carboxylic acid hydrazidemaleimide NHS ester
Cyanine3.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazidemaleimide NHS ester
Cyanine5 alkyne azide carboxylic acid hydrazidemaleimide NHS ester amine
Cyanine5.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazidemaleimide NHS ester amine
Cyanine7 alkyne azide carboxylic acid hydrazidemaleimide NHS ester amine
Cyanine7.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazidemaleimide NHS ester amine
大多数非磺酸化菁染料都必须在有机相里去跟蛋白、多肽、抗体及小分子材料进行下一步的反应。
Sulfonated cyanine磺酸化菁染料包括以下：
Sulfo-Cy 5 NHS ester, Sulfo-Cy3 maleimide, Sulfo-Cy7azide, Sulfo-Cy5 carboxylic acid
Sulfo Cyanine3 alkyne azide carboxylic acidhydrazide maleimide NHS ester
Sulfo Cyanine3.5 alkyne azide carboxylicacid hydrazide maleimide NHS ester
Sulfo Cyanine5 alkyne azide carboxylic acidhydrazide maleimide NHS ester amine
Sulfo Cyanine5.5 alkyne azide carboxylicacid hydrazide maleimide NHS ester amine
Sulfo Cyanine7 alkyne azide carboxylic acidhydrazide maleimide NHS ester amine
Sulfo Cyanine7.5 alkyne azide carboxylicacid hydrazide maleimide NHS ester amine
虽然非磺酸化菁染料和磺酸化菁染料有着相同的荧光特性，但是在具体使用上还是有一些差异性的，非磺酸化菁染料必须溶解在有机溶剂中如DMF或DMSO中使用，并加入缓冲水溶液buffers来使用，磺酸化菁染料溶解在水中，整个使用过程完全在水相中进行。
大多数非磺化花菁衍生物（酰肼和胺的盐酸盐除外）具有低水溶性。当这些分子用于生物分子标记时，使用有机共溶剂（5-20%的DMF或DMSO）对于有效反应是必需的。花菁染料应首先溶解在有机溶剂中，然后加入适当水性缓冲液中的生物分子（蛋白质，肽，氨基标记的DNA）溶液中。当有效地进行缀合时，染料在沉淀之前反应。
非磺化花菁的荧光性质几乎不依赖于溶剂和周围环境。非磺化花菁染料的吸光度和荧光光谱绘制如下。
磺酸化菁染料和非磺酸化菁荧光染料可以用于标记各种不同的目标分子：
l 可在有机溶剂中溶解的蛋白质
l 抗体 (use 5-10% of DMSO/DMF)
l DNA和寡核苷酸
l 多肽
l 其他小分子，包括药用小分子及抑制剂
磺酸化菁荧光染料可用于：
Ø 在DMF或DMSO中变性的敏感蛋白
Ø 被透析及纯化的蛋白
Ø 水溶性的纳米粒子
Ø 不溶或疏水的蛋白
非磺酸化菁荧光染料可用于：
Ø 在有机介质反应（二氯甲烷、乙腈）
星戈瑞荧光stargraydye 非磺酸化菁荧光染料产品列表：
Cy3 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimideNHS ester
Cy3.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazidemaleimide NHS ester
Cy5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimideNHS ester amine
Cy5.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazidemaleimide NHS ester amine
Cy7 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimideNHS ester amine
Cy7.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazidemaleimide NHS ester amine
星戈瑞荧光stargraydye 磺酸化菁荧光染料产品列表：
Sulfo Cy3 alkyne azide carboxylic acid hydrazidemaleimide NHS ester
Sulfo Cy3.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazidemaleimide NHS ester
Sulfo Cy5 alkyne azide carboxylic acid hydrazidemaleimide NHS ester amine
Sulfo Cy5.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazidemaleimide NHS ester amine
Sulfo Cy7 alkyne azide carboxylic acid hydrazidemaleimide NHS ester amine
Sulfo Cy7.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazidemaleimide NHS ester amine
