蛋白荧光标记技术是利用级联放大反应原理，将敏感性且易于检测的荧光素通过某个基团吸附或共价结合后，标记到特异性抗原或抗体分子上，应用荧光显微镜观察荧光标记物因增强放大效应而产生颜色、光谱等变化，以分析示踪相应抗体或抗原性质与含量的方法。
蛋白质标记技术可以研究感兴趣的蛋白质的丰度、位置、相互作用、翻译后修饰、功能，乃至监测活细胞中的蛋白质运输等问题。蛋白质标记技术有以下三种标记物和标记方式：
一 代谢标记
代谢标记策略是一种体内标记方法，在这种方法中，细胞被“喂养”了化学标记的营养物，然后这些标记物被掺入新合成的蛋白质、核酸或代谢物中。然后收集细胞并分离这些分子以获得细胞生物过程的全局视图。
二 荧光标记
自发荧光蛋白、小分子荧光标志物染料、纳米晶体材料（即量子点材料）、小分子蛋白质标签等等这些材料都可以作为荧光标志物，结合荧光成像检测仪器可以对目标蛋白的表达情况、细胞中的定位情况、相互作用、活性状态等指标进行研究。
三 生物素标记
生物素（Biotin）是蛋白质检测、纯化和固定的有用标签，因为它可以高亲和力地与链霉亲和素（Avidin）和链霉亲和素（Streptavidin，SA）结合。生物素-亲和素的亲和力至少比抗原-抗体结合力高百万倍，这种相互作用是蛋白质和配体之间较强的非共价相互作用之一。另外，生物素（MW=244.3Da）比酶标记物小得多，因此不太影响蛋白质本身的功能。总之，这些特征使得生物素-亲和素策略成为许多检测和固定应用的理想选择。
