绿色荧光蛋白晶体结构显示，蛋白质中央是一个圆柱形水桶样结构，长420nm，宽240nm，由11个围绕中心α螺旋的反平行β折叠组成，桶的顶部由3个短的垂直片段覆盖，底部由一个短的垂直片段覆盖，荧光活性生色团则位于桶的大空腔内。
绿色荧光蛋白：
1.易于检测，灵敏度高；
2.荧光稳定；
3.广谱通用性；
4.易于构建载体；
5.可进行活细胞实时定位观察；
6.易于得到突变体；
7.不受假阳性干扰。
绿色荧光蛋白应用：
1.融合标记：GFP可以融合到蛋白质的N端或C端，可以看到基因表达的时间和地点，用于构建荧光融合的空骨架集合。
2.转录报告基因：将GFP置于目标启动子的控制下可用于监测特定细胞类型中该启动子的基因表达。
3.共振能量转移：用于两种蛋白质之间的两个结构域之间的相互作用。通常使用两种具有重叠激发/发射光谱的荧光蛋白。
4生物传感器：基于GFP的荧光生物传感器来检测各种细胞内条件，包括离子浓度和pH值。
5光遗传学：可以使用光来检测、测量和控制分子信号、细胞和细胞群，以了解它们的活动并可视化改变这种活动的影响。
6.细胞标记/选择：像质粒这样的表达构建体通常包含GFP作为标记，以帮助识别哪些细胞已成功吸收质粒。可作为抗生素选择的替代方法。
7.荧光激活细胞分选：这是一种流式细胞术，可根据荧光信号将细胞混合物分成不同的群体。
8.发育/转基因用途：由于其稳定性，GFP可用于细胞命运研究中的谱系追踪能力。当置于启动子的控制时，还可以用于可视化这些启动子活跃的发育阶段。
9.纯化：GFP可用作蛋白质纯化的通用表位标签，并且针对GFP的商业抗体可用。
10.分裂EGFP：FRET的替代品，分裂EGFP被用于研究蛋白质—蛋白质相互作用。
