同位素是具有相同质子数，不同中子数的同一元素，即质量不同而化学性质相同的原子。同位素标记法也叫同位素示踪法，是指用示踪元素标记的化合物，根据这种特定化合物的放射性，对有关发生的一系列化学反应进行追踪的分析方法。
荧光标记法是把利用荧光蛋白或荧光蛋白基因作为特定的标志物对研究对象物体进行标记的分析方法。关键在于荧光蛋白，常用的荧光蛋白为绿色和红色两种。
绿色荧光蛋白（GFP）常用的是来源于发光水母的一种功能独特的蛋白质，其分子量为27kD，并且具有 238个氨基酸、蓝光或近紫外光照射发射绿色荧光。其中红色荧光蛋白来源于珊瑚虫，这是一种跟绿色荧光蛋白同源的荧光蛋白，在紫外光的照射下，可发射出红色荧光。
同位素标记是元素标记，荧光标记是分子标记，荧光标记是利用一种荧光物质A，去结合被检测物质B，通过A荧光出现的位置或亮度体现B所在的位置或者量的多少，而同位素标记则利用同位素原子如16O/18O去标记物质中的分子或原子，用原子分析方法检测原子变化。
