DNA探针（DNA probe）是常用的核酸探针，为长度在几十到几百甚至上千碱基对的单链或双链DNA，用特殊示踪剂（如同位素、酶或有色基团）进行标记；在适当的pH值、温度和离子强度下，DNA探针利用分子的变性、复性以及碱基互补配对，能与待测样本中互补的非标记单链DNA或RNA以氢键结合（杂交），形成双链复合物（杂交体）。
DNA探针是有目的基因或染色体区域上特异核苷酸序列的DNA片段。DNA探针能与有特异性标记的核酸序列杂交，从而检测出待测样品中的互补序列。
DNA探针分为两类：同位素标记的探针和非同位素标记的探针。
同位素标记的探针：通常有较高的放射比活性，杂交的灵敏度高，但使用期限短，且有放射性危害，需要特殊的仪器和设备，不适用于普通实验室。
非同位素标记法：如酶促标记法（如生物素、地高辛标记法）和化学标记法（如荧光生物素、酶标记法）。非同位素标记的探针保存时间较长、避免了同位素的污染，但不及同位素标记探针敏感。
下面以同位素标记法为例简述DNA探针的标记方法。
1．缺口平移法（nick translation）
缺口平移法是常用的探针标记法，反应体系的主要成分有DNA酶I（DNase I）、大肠杆菌DNA聚合酶I（DNA polymerase I）、三种三磷酸脱氧核糖核苷酸、一种同位素标记的核苷酸（如dATP、dTTP、dCTP，”P—dGTP）。
首先用适当浓度的DNA酶I在探针DNA双链分子上随机切开若干个缺口（不是切断DNA或将其降解），然后再借助于DNA聚合酶I的5 '→3'的外切酶活性，切去5’末端的核苷酸；同时又利用该酶的5’→3’聚合酶活性，使32P标记的互补核苷酸补入缺口。DNA聚合酶I的这两种活性的交替作用，使缺口不断向3’的方向移动，DNA链上的核苷酸不断为32P标记的核苷酸所取代。
由于反应体系中含有同位素标记的单核苷酸，使新合成的链带有同位素标记，所以缺口平移实际上是同位素标记的核苷酸取代了原DNA链中不带同位素的同种核苷酸。
2.随机引物法（random primer）
变性的探针溶液加入6个核苷酸的随机DNA小片段，作为引物，当后者与单链DNA多个部位互补结合后，按碱基互补原则不断在其3'-OH端添加同位素标记的单核苷酸，这样也可以获得放射性比活性很高的DNA探针。
3．末端标记法（end—labelling）
末端标记法不是将DNA进行全长标记，只在其5'端或3’端导入标记物进行部分标记。该标记方法可得到全长DNA探针，因为携带的标记分子较少，所以标记比活性不高。
