异硫氰酸荧光素（FITC）具有较高的活性，通常来说，在固相合成过程中引入该种荧光基团相对于其他荧光素要更容易，并且反应过程中不需要加入活化试剂。
FITC修饰的多肽：
1、 在整条肽链N端接入FITC，并且在FITC之前接入一分子的Acp（6-氨基己酸），也称烷基间隔器。反应中FITC与肽链上裸露的-NH2反应，Acp的接入提供了六个碳的直链空间，提高反应效率，降低反应的空间位阻，降低反应难度。
其次，FITC还与多肽结构中的-SH，侧链-NH2反应，Acp的加入也降低了这种副反应发生的可能。
此外，多肽在酸性环境条件下切割时，在N端接入FITC的多肽需要经历环化作用来形成荧光素，这种过程通常都会伴随最后一个氨基酸的切除，而烷基间隔器Acp的接入就避免了这一情况的发生。
2、 在整条肽中的某个Lys侧链接入FITC，Lys侧链为末端为-NH2的四碳直链烷基，起降低空间位阻的作用。这种修饰方式能够灵活的在整条肽中任何位置进行FITC修饰，而不限于末端。
