染料在生物化学中可以直接对切片进行染色，然后进行观察。随着生物技术、计算机技术以及荧光光谱测定技术的不断发展，许多染料尤其是荧光染料在细胞检测、基因蛋白分析等方面得到应用。
荧光染料泛指吸收某一波长的光波后能发射出另一大于吸收光波长的光波的物质。利用荧光染料进行抗体标记分析在现代生物免疫学领域中应用较广，并逐步显示自身的优越性。
下面简要介绍应用于标记抗体的荧光染料及其种类：
1.荧光素类染料，包括异硫氰酸荧光素(FITC)、 羟基荧光素(FAM)、四氯荧光素(TET)等及其类似物。这是一类具有较多苯环的化合物。FITC，在488nm处由氩离子激光激发，发射525nm的蓝绿色荧光。FITC能够与各种抗体蛋白结合，并在碱性溶液中稳定呈现蓝绿色荧光。
2.罗丹明类染料，包括红色罗丹明（RBITC）、四甲基罗丹明（TAMRA）、罗丹明B（TRITC）等。TRITC在550nm处被激发可发射出570 nm的黄色荧光。
3.Cy系列菁染料，菁染料通常有两个杂环体系组成，包括Cy2、 Cy3、 Cy3B、Cy3.5、Cy5、Cy5.5、Cy7及其类似物。
4.Alexa系列染料，它是由Molecular Probes开发的系列荧光染料。其激发光和发射光光谱覆盖大部分可见光和部分红外线光谱区域。 以高亮度、稳定性、仪器兼容性、多种颜色、pH值不敏感以及水溶性为主要特点。包括Alexa Fluor 350、405、430、488、532、546、555、568、 594、610、633、647、680、 700、750。目前Alexa系列染料应用较多，且逐渐替代传统的荧光染料，如Alexa Fluor 488可替代FITC、Cy2；Alexa Fluor 555可替代Cy3、TAMRA；Alexa Fluor 633可替代APC、Cy5等。
5.蛋白类的染料，包括藻红蛋白（PE）、藻蓝蛋白（PC）、别藻蓝蛋白（APC）、多甲藻黄素-叶绿素蛋白（preCP）等。他们大多是在蓝藻中发现的蛋白。这类荧光染料可以与Cy系列菁染料偶联形成复合染料用于抗体标记。常用的有PE-Cy3/Cy5/Cy7、APC-Cy7、PerCP-Cy5.5等。
