1.PH探针：是一类荧光性质随pH变化而变化的物质。pH定性测量可通过pH指示剂在特定pH范围内荧光强度的增减来实现。随着pH值的变化，探针分子光谱的比例发生变化，可以实现对pH值的定量测量。pH指示剂进入细胞后，可以用荧光显微镜观察，实时检测细胞内pH的动态分布和区域变化。
2.NO荧光探针：NO荧光探针法具有灵敏度高、选择性好、检测实时、操作方便、对细胞伤害小、检测过程对样品无损伤等优点。NO荧光探针与显微成像技术相结合，可以提供活细胞中NO的时间和空间信息，从而揭示NO的作用。
3.ROS乏氧探针：ROS荧光探针法灵敏度高，能够提供目标生物分子的时空信息。荧光探针法可以检测细胞内的活性氧，进而实时检测目标生物分子的行为。荧光探针与 ROS 反应后，会产生具有强荧光的产物。通过检测反应产物的荧光强度，可以在一定程度上反映ROS的水平。
4.细胞膜探针：是亲脂性荧光染料，用于标记细胞膜和疏水组织。具有较高的淬灭系数、依赖性和短的激发寿命。
5.荧光离子探针：由荧光基团、连接基团和识别基团组成的荧光探针，分为阳离子荧光探针和阴离子荧光探针。根据被检测离子的特点，荧光探针具有不同的受体识别基团，当发生荧光或荧光猝灭时，可方便快捷地检测出相应离子的存在。
6.荧光金属探针：可与系统中特定的金属离子发生相互作用，通过荧光信号的变化来监测金属离子的浓度信息。金属荧光分子探针对特定金属离子敏感，具有生物相容性，可用于细胞内金属离子的原位和成像分析。
除以上荧光探针，还有膜电位探针、UV-tracer 探针、细菌成像的荧光探针、谷胱甘肽探针等等。
