花菁染料是含可用于进一步反应的羧基、琥珀酰亚胺酯基、胺基和异硫氰酸酯基的。其可分为两种：非磺化花菁染料和磺化花菁染料，通俗来讲就是难溶于水的花菁染料和易溶于水的花菁染料，但是他们的光谱属性几乎是相同的，而且他们常常可以用于标记蛋白，多肽，纳米粒，聚合物，核酸等。
大部分非磺化的花菁染料（酰肼盐酸盐类和胺类除外）具有低水溶性，当他们用于生物分子标记时，是可以使用有机溶剂作为助溶剂(DMF或DMSO)。可以先溶解在有机溶剂中，然后在适当的水溶缓冲剂作用下加入到生物分子溶液中（蛋白质，肽，氨基标记的 DNA）。在染料沉淀之前，染料分子与生物分子发生有效反应，其荧光性质对溶剂和反应环境的依赖性较小。
常见的非磺化花菁染料有：Cy3，Cy3.5，Cy5，Cy5.5，Cy7，和Cy7.5等。
磺化的花菁染料具有高的水溶性，在标记生物分子时不需要用有机溶剂辅助，可直接用水溶解。其包含了额外地磺基官能团，能促进染料分子在水相中的溶解度，带电荷的磺酸盐降低了染料分子的聚合度且能很好地标记偶联物。
常见的磺化花菁染料有：sulfo-Cy3，sulfo-Cy5和sulfo-Cy7等。
相关花菁染料产品如下：
CY3-azide 花菁染料CY3标记叠氮
Cy3-alkyne 花菁染料CY3标记炔烃
Cy3-maleimide 花菁染料CY3标记马来酰亚胺
Cy3-NHS 花菁染料CY3标记活化酯
Cy3-COOH 花菁染料CY3标记羧基
Cy3-NH2 花菁染料CY3标记氨基
Cy3-tetrazine 花菁染料CY3标记四嗪
Cy3-HZ 花菁染料CY3标记酰肼
