菁染料是一种能使感光材料增加感光性的染料，常见的有多甲川花菁染料（CY）和吲哚菁绿（ICG），其中CY染料常见的有CY3、CY5和CY7。
CY3又叫三甲川花菁染料，是一种红色粉末状发橙红色荧光的染料，其激发波长在555nm左右，发射波长在580nm左右，可应用于标记生物分子，荧光成像及荧光生物分析，常用于标记多肽、蛋白、抗体、DNA/RNA等。
CY5又叫五甲川花菁染料，是一种蓝色粉末状发红色荧光的活性染料，其激发波长在646nm左右，发射波长在670nm左右，可应用于标记生物分子，荧光成像及荧光生物分析，常用于标记多肽、蛋白、抗体、DNA/RNA等。可观测到皮下组织。
CY7又叫七甲川花菁染料，是一种绿色粉末状发深红色荧光的近红外染料，其激发波长在750nm左右，发射波长在773nm左右，可应用于标记生物分子，荧光成像及荧光生物分析，常用于标记多肽、蛋白、抗体、DNA/RNA等。
ICG又叫吲哚菁绿，是一种深蓝色晶体状发深红的荧光的近红外染料，其激发波长在780nm左右，发射波长在800nm左右，与花菁染料中CY7.5的激发和发射波长近似。可应用于荧光成像及光热治疗，常用于标记多肽、蛋白、抗体等。
