不同外部环境下荧光染料的影响：
1、温度影响：荧光物质随着溶液温度的升高其荧光强度会降低，主要原因是分子内部能量的转换作用随着温度的升高而加快， 同时激发态分子和溶剂分子之间发
生某些可逆的光化学反应， 这也是荧光强度下降的原因之一。
2、溶剂效应：溶剂的极性对荧光化合物的光谱会发生影响，一般说来随着溶剂极性的增加，化合物的吸收和发射光谱会蓝移，这成为负向溶剂化显色。
3、PH对光谱的影响：很多荧光化合物尤其是含有氮、 氧或酸根离子的荧光化合物，
4、对PH极其敏感， 因为染料的质子化和非质予化的两种状态能显著改变荧光分子的电子云密度，从而极大改变其光谱特性。
Cy系列荧光染料的基本结构：两个芳香环经两端为C-C双键的聚甲炔偶联而成，最大吸收和发射波长均位于近红外区域。Cy染料的摩尔消光系数大，吸收及发射光谱位于 600-1000纳米的近红外区，可以避免生物分子本体的荧光背景干扰，因此用于生物探针与细胞显影等领域。但是，Cy染料的水溶性较差，极性溶剂中的荧光量子产率较低，并且易于聚集。常用的Cy类染料有 Cy3、Cy5、Cy7等。
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