可选用的荧光染料多种多样，由于他们的分子结构不同，其荧光激发谱与发射谱也各异。选择染料或单抗所标记的荧光素必须考虑仪器所配置的激光光源的波长，即染料的激发光谱；仪器激光的激发光波长尽可能接近荧光染料的激发光谱峰值；此外，还要考虑荧光染料的发光颜色，即染料的发射光谱，需选择合适波段的检测器检测相应的荧光信号。
荧光素的选择一般遵循几个原则：
① 仪器需满足激光管可激发相应的荧光素且可同时检测所需的荧光；
② 染料的亮度与抗原表达量相匹配，低表达抗原，推荐使用亮荧光染料，高表达抗原，推荐使用弱荧光染料；
③ 尽量选择光谱重叠小的荧光素，光谱重叠严重的荧光素同时检测会导致荧光溢漏，需调节补偿；
④ 尽量使用红色激光激发自发荧光高的样本。
星戈瑞荧光stargraydye通常可用的染料有PI、PE、FITC（异硫氰酸荧光素）、PERCP、CY5（花菁5）、FAM（羧基荧光素）、TRITC（四甲基罗丹明）、MitoTracker Red CMXRos、AF系列、IR系列等。
