荧光标记所依赖的化合物称为荧光物质。 荧光物质(fluorescentmaterial)又称为荧光素(fluorescein或luciferin)、荧光色素或荧光探针，是指能够在受到紫外光或蓝紫光照射时，可激发成为激发态，当从激发态恢复基态时，发出荧光，而且能作为染料的、具有共轭双键体系化学结构的化合物。其中荧光素通常具有芳香环结构。
许多物质都可产生荧光现象，但并非都可用作荧光色素。只有那些能产生明显的荧光并能作为染料使用的有机化合物才能称为免疫荧光色素或荧光染料。
荧光标记技术指利用荧光物质共价结合或物理吸附在所要研究分子的某个基团上，利用它的荧光特性来提供被研究对象的信息。荧光标记的无放射物污染，操作简便等优点。其中常见的是利用荧光标记多肽来检测目标蛋白的活性。除此，多肽的荧光修饰同样是多肽合成领域的内容。荧光标记技术不只局限于蛋白质，它还可以对核酸、聚糖、抗体以及各种活性基团等其他结构进行标记。
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