目前常见的荧光染料主要有一下几大类：CY系列菁染料，Bodipy系列染料，香豆素及双光子香豆素系列染料，近红外区域IR系列，ICG系列染料，PH敏感型荧光染料等。
菁染料是近红外荧光染料中常用的一类荧光染料，由于细胞和组织的自发荧光在近红外波段最小，因此在检测复杂生物系统时，近红外染料能提供高的特异性和灵敏度。同时，由于光波在近红外区段的组织透过性好，菁染料的摩尔吸光系数在荧光染料中高，Cy7 NHS ester, Cy5.5 amine 和Cy3 azide的吸收在近红外区背景非常低，是荧光强度高、稳定性长波长染料。适合于活体动物体内成像代替放射性元素。
CY花菁染料的对比：
1：菁染料的摩尔吸光系数在荧光染料中高
2：细胞和组织的自发荧光在近红外波段小
3：特异性和灵敏度高
4：光波在近红外区段的组织透过性好
5：染料细胞毒性小，可用于标记抗体、蛋白、细胞。
CY花菁染料的缺点：
1：菁染料的荧光量子效率相比其他染料较低，一般是0.1-0.2
2：多川结构的菁染料容易发生聚集。
CY3-COOH
Cyanine3-NHS ester
CY3-NH2
Cyanine3-azide
CY3-alkyne
CY3-MAL
Cyanine3-hydrazide
CY3-SH
Sulfo-CY3-COOH
Sulfo-CY3-NHS ester
Sulfo- Cyanine3-NH2
Sulfo-CY3-azide
Sulfo-CY3-alkyne
Sulfo- Cyanine3-MAL
Sulfo-CY3-hydrazide
Sulfo- Cyanine3-SH
Cyanine3.5-COOH
CY3.5-NHS ester
CY3.5-NH2
Cyanine3.5-azide
Cyanine3.5-alkyne
CY3.5-MAL
Cyanine3.5-hydrazide
CY3.5-SH
Sulfo-CY3.5-COOH
Sulfo- Cyanine3.5-NHS ester
Sulfo-CY3.5-NH2
Sulfo-CY3.5-azide
Sulfo- Cyanine3.5-alkyne
Sulfo-CY3.5-MAL
Sulfo- Cyanine3.5-hydrazide
Sulfo- Cyanine3.5-SH
Cyanine5-COOH
CY5-NHS ester
Cyanine5-NH2
CY5-azide
CY5-alkyne
CY5-MAL
CY5-hydrazide
CY5-SH
Sulfo-CY5-COOH
Sulfo- Cyanine5-NHS ester
Sulfo- Cyanine5-NH2
Sulfo- Cyanine5-azide
Sulfo-CY5-alkyne
Sulfo-CY5-MAL
Sulfo-CY5-hydrazide
Sulfo-CY5-SH
