荧光染料是一种能发出荧光的染料，荧光染料可吸收特定波长的光能，然后以更长的波长重新发射光能。例如在吸收紫外线时，就把吸收的短光波转变为长光波反射出来。
荧光染料（或称荧光素）常用作细胞成像和流式细胞术等多种应用的检测试剂。荧光染料吸收和发射光的波长分别构成荧光染料的激发和发射光谱（或简称为荧光染料光谱）。
常见的荧光染料就有：异硫氰酸荧光素(FITC)、藻红蛋白（PE）、AlexaFluor系列、Cy系列染料等等。其中吲哚类菁染料Cy3是一种发橘黄色荧光的花菁素荧光染料，把Cy3包裹到硅纳米颗粒中，可以提升其性能，再与多肽修饰，可以用来制备核壳纳米颗粒的内核材料。
多肽修饰的CY3荧光纳米颗粒制备方法：
1.采用多肽修饰吲哚菁染料Cy3作为内核材料
2.用正硅酸乙酯水形成包壳制备核壳荧光纳米颗粒
3.检测不同等电的内核材料与核壳荧光纳米颗粒的数据影响
多肽修饰的吲哚菁染料Cy3可以制备稳定的、强度大的核壳荧光纳米颗粒，进一步而作为内核材料的多肽修饰的吲哚菁染料Cy3形成新的荧光纳米颗粒，这种标记方法可以用来检测DVA。
科研用的相关多肽修饰荧光染料 :
香豆素荧光标记琥珀酰AMC多肽（ISGASE(SuK)-AMC）
D4多肽偶联的靶向酞菁锌光敏剂(PCZN-EGF-D4)
谷胱甘肽(GSH)修饰的红外发光量子点CdTe QDs
酪氨酸(Tyr)衍生物与AIE荧光分子TPE-2N3进行化学偶联
螺吡喃修饰RGD三肽
富精氨酸多肽修饰的金纳米粒子
双配体(巯基嘌呤(MP)和多肽CALNN)修饰金纳米粒子
