花菁染料-CY（Cyanine）染料是一种常见的荧光化合物，也是一种多甲川染料的衍生物。它是由两个氮原子为杂环核组成的，且具有荧光稳定、多聚次甲基桥链化学结构、摩尔吸收系数大和荧光量子产率高等优点。用于标记生物分子例如DNA和蛋白质，比较常见的花菁染料有CY3、CY5、CY7和Sulfo-CY3、sulfo-CY5、sulfo-CY7。
Cyanine3（CY3）、Sulfo-CY3
是一种发橘黄色光的花青素染料，也叫三甲川染料，一般是指脂溶性CY3，较难溶于水，水相标记需有机溶剂共溶，还有一种是磺化CY3，它的水溶性比较好，荧光更亮更稳定，都可用来标记活性基团、蛋白、糖、多肽、抗体等。
Cyanine5（CY5）、Sulfo-CY5
是一种发红色荧光的花青素染料，也叫五甲川染料，也是一种常见的荧光标记化合物。溶于有机助溶剂（如DMF或DMSO），相对于CY3它的灵敏度更高，可用来标记多肽、蛋白和寡核苷酸的氨基基团。磺化CY5（水溶性CY5）可在水相中标记各种官能团，适用于标记对有机溶剂敏感的生物分子。
Cyanine7（CY7）、Sulfo-CY7
是一种近红外的花菁荧光染料，也叫七甲川染料。它在肌体的血液、体液和组织背景荧光弱、穿透性较强，所以它经常用于小动物的活体成像中。它发出的光是肉眼不可见的，所以只能凭借一些荧光仪器来识别。磺化CY7（Sulfo-CY7）是水溶性的可标记各种活性基团和一些有机溶剂敏感的生物分子。
基础的多甲川花菁染料：
Cyanine3 azide 花菁染料CY3标记叠氮 CAS：1032678-01-5
Cyanine3 alkyne 花菁染料CY3标记炔烃 CAS：1902918-31-3
Cyanine3 maleimide 花菁染料CY3标记马来酰亚胺 CAS：1838643-41-6
Cyanine3 NHS ester 花菁染料CY3标记活化酯 CAS：1032678-38-8
Cyanine3 COOH 花菁染料CY3标记羧基 CAS：1361402-15-4
Cyanine5 amine 花菁染料CY5标记氨基 CAS：1807529-70-9
Cyanine5 tetrazine 花菁染料CY5标记四嗪 CAS：1427705-31-4
Cyanine5 hydrazide 花菁染料CY5标记酰肼 CAS：1427705-31-4
Cyanine5 DBCO 花菁染料CY5标记二苯并环辛炔 CAS：2182601-71-2
Cyanine7 Thiol 花菁染料CY7标记硫基
Cyanine7 Biotin 花菁染料CY7标记生物素
Cyanine7 oxhydryl 花菁染料CY7标记羟基
Cyanine7 TCO 花菁染料CY7标记反式环辛烯
Cyanine7 Silane 花菁染料CY7标记硅烷
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