科研常见的荧光染料都有特定的激发和发射光谱。细胞可被多种荧光偶联抗体、荧光染料及荧光蛋白标记。激光器发射特定波长的激光，从而为荧光染料提供不同波长的激发能量。在激光器波长选择时需留意：
激光器功率：
激光光束可提供激发多色实验和细胞表型分析中所使用荧光染料、 荧光蛋白和标记抗体所需的能量。激光功率会影响流式实验中荧光信号的检测。如激光功率过低，则抗原表达水平低的荧光标记细胞可能无法检测到足够信号。检测蛋白的表达情况需要最佳激光功率。 因为某些特定细胞类型的检测是利用荧光信号强度作为阳性或阴性指标的判断标准。
激光光束特征：
每个细胞均应受到相同的激光照射，以便在同一个实验中比较不同细胞上的荧光信号。稳定的激光光束输出及精确的激光位置为通过检测点的每个细胞提供最佳信号。经过精确校准的激光光束所获得的实验数据的差异性是由生物学因素所产生，而不是仪器本身的原因所造成的。在检测抗原表达较弱的样本细胞时，激发光能量不佳会导致结果不准确。当激光功率不稳定时，从细胞采集的荧光信号差异较大，从而增加统计结果的误差。激光光路偏移会使通过光束的每个细胞获得的激光能量减少或不均匀。
