Cy (Cyanine)系列,也叫菁染料，即花青素系列荧光染料是具有多聚次甲基桥链化学结构特点的一类合成荧光染料。Cy染料的消光系数非常高，桥链长度和两端的发色团直接控制着染料的吸收峰和发射峰值。菁染料Cy系列常分为脂溶性Cy染料、水溶性Cy染料。
脂溶性Cy染料：
脂溶性Cy染料包括Cy3，Cy3.5，Cy5，Cy5.5，Cy7和Cy7.5，其中Cy3，Cy5和Cy7的发色团是indolenine，而Cy3.5，Cy5.5和Cy7.5的是Benzoindole。Benzoindole仅仅比indolenine多了个苯环，这多余的一个苯环让整个染料吸收峰和发射峰红移，从而让Cy染料系列覆盖广泛的荧光谱图。Cy染料的结构几乎是对称的，为了让染料可标记，这其中的一个发色团上引伸出一个6碳链羧基来活化标记。
虽带一个正电荷，脂溶性Cy染料的水溶性也比较低。在标记生物分子时（一般在缓冲溶液中），常常需要加入有机溶液（一般5-20%的DMF或者DMSO）助溶。常规是将染料先溶于有机溶剂中，然后按比例加入到生物分子的水溶液中反应，反应完成后离心除去沉淀的染料。当然脂溶性Cy染料也可以直接在有机溶剂中直接与有机小分子反应，标记小分子或者高分子材料。脂溶性Cy染料也易溶于氯仿，甲醇，THF，乙腈等常规有机溶剂。
CY3/CY5/CY7-N3
CY3.5/CY5.5/CY7.5-N3
CY3/CY5/CY7-ALK
CY3.5/CY5.5/CY7.5-ALK
CY3/CY5/CY7-MAL
CY3.5/CY5.5/CY7.5-MAL
CY3/CY5/CY7-NHS
CY3.5/CY5.5/CY7.5-NHS
CY3/CY5/CY7-COOH
CY3.5/CY5.5/CY7.5-COOH
CY3/CY5/CY7-NH2
CY3.5/CY5.5/CY7.5-NH2
水溶性Cy染料：
水溶性Cy染料是在脂溶性Cy染料的发色团上加入磺酸基团从而大大增加了染料的水溶性，同时还稍微提高了染料的光学稳定性和量子产率，因此水溶性染料更耐受光照，发出的荧光也稍强一些。
由于磺酸盐的原因，这类染料的水溶性非常高，在标记反应中不需要加入任何有机溶剂助溶，另外标记上去的染料分子由于水溶性好不会聚集，也不会影响被标记大分子的稳定。这点非常重要，特别是当每个目标生物大分子上需要标记多个染料分子，或者目标生物大分子溶解度低，稳定性差时。
Sulfo-CY3/Sulfo-CY5/Sulfo-CY7-N3
Sulfo-CY3.5/Sulfo-CY5.5/Sulfo-CY7.5-N3
Sulfo-CY3/Sulfo-CY5/Sulfo-CY7-ALK
Sulfo-CY3.5/Sulfo-CY5.5/Sulfo-CY7.5-ALK
Sulfo-CY3/Sulfo-CY5/Sulfo-CY7-MAL
Sulfo-CY3.5/Sulfo-CY5.5/Sulfo-CY7.5-MAL
Sulfo-CY3/Sulfo-CY5/Sulfo-CY7-NHS
Sulfo-CY3.5/Sulfo-CY5.5/Sulfo-CY7.5-NHS
Sulfo-CY3/Sulfo-CY5/Sulfo-CY7-COOH
Sulfo-CY3.5/Sulfo-CY5.5/Sulfo-CY7.5-COOH
Sulfo-CY3/Sulfo-CY5/Sulfo-CY7-NH2
Sulfo-CY3.5/Sulfo-CY5.5/Sulfo-CY7.5-NH2
