氰基5马来酰亚胺是一种单活性染料，其选择性地与硫醇基团（例如，与肽和蛋白质中的半胱氨酸）偶联，以产生标记的偶联物。
Sulfo-Cyanine3 maleimide水溶性硫醇反应性黄色发光染料。
Cy3 (Cyanine3) 是一个传统的蛋白质和核酸的橙红色荧光标记物。Cy3一般偏脂溶性，水溶性较低，在水相标记反应时常常需要使用有机共溶剂，常用有机溶剂包括DMF，DMSO和乙腈等。
免疫荧光细胞化学技术是采用荧光素标记的已知抗体（或抗原）作为探针，检测待测组织、细胞标本中的靶抗原（或抗体）
免疫荧光标记技术（immunofluorescence technique）是将已知的抗体或抗原分子标记上荧光素，当与其相对应的抗原或抗体起反应时，在形成的复合物上就带有一定量的荧光素
荧光产生是物质在吸收入射光的过程中，光子的能量传递给物质分子，分子被激发，处于激发态的分子不稳定，可通过辐射跃迁的衰变过程而返回基态，衰变过程伴随着光子的发射，即产生荧光。一些能产生荧光的物质可以运用到生物染色剂中，我们称之为荧光染料（荧光色素）或荧光探针。
蛋白荧光标记技术是目前常见的蛋白体外标记技术，利用级联放大反应原理，将极度敏感性且易于检测的荧光素通过某个基团吸附或共价结合后，标记到特异性抗原或抗体分子上，应用荧光显微镜观察荧光标记物因增强放大效应而产生颜色、光谱等变化，以分析示踪相应抗体或抗原性质与含量的方法。
荧光蛋白是一种常用的报告蛋白，能在特定波长激发光作用下，发出相应的荧光信号。利用分子生物学方法将荧光蛋白与外泌体膜上的标记蛋白，如CD63、CD9、CD81等融合表达可以跟踪外泌体从供体到受体细胞的轨迹。通过监测膜蛋白的荧光，亦可实现活体培养物中外泌体转移的可视化观察。常用的荧光蛋白有绿色荧光蛋白GFP和红色荧光蛋白RFP等。
吡咯硼(BODIPY)是以硼二吡咯(boron-dipyrromethene)为荧光结构母核的一类新型的荧光染料，其主要特点是结构非对称性，使得BODIPY衍生物拥有更多应用范围。
