三甲川花菁染料（Cyanine3）简称CY3，是一种红色粉末且发橙红色荧光的甲川类花菁染料，其激发波长峰值在555nm左右，发射波长峰值在580nm左右。它常被应用于生物分子标记，荧光成像及其他荧光生物分析等。
脂溶性CY3三甲川花菁染料的合成步骤-三甲基苯并吲哚-三甲基苯并吲哚啉(丁基) -三甲基苯并吲哚啉(甲基)-半菁碘-三甲川花菁染料
花菁染料分为两种：非磺化的花菁染料和磺化的花菁染料，对于许多的应用
Cy5 (Cyanine 5) 是一种蓝色粉末并且发红色荧光的花青荧光染料。激发波长645nm左右，发射波长670nm。
水溶性的氨基反应性磺基CY3 NHS。在纯水溶液中标记蛋白质和肽，无需有机助溶剂。适用于溶解度低的蛋白质和易变性的蛋白质。
Cyanine3 NHS酯是一种活性染料，用于标记生物分子中的氨基，是Cy3 NHS酯的类似物。
氟硼二吡咯(BODIPY)类荧光染料具有良好的光化学物理性能
聚乙二醇（PEG）是一种高分子聚合物，具有良好的水溶性，并与许多有机物组分有良好的相溶性。荧光聚乙二醇可标记多种活性基团，如：氨基、羧基、巯基、叠氮等。
菁染料(Cy)是近红外荧光染料中最常用的一类荧光染料，细胞和组织的自发荧光在近红外波段小，能提供更高的特异性和灵敏度。
一种具有马来酰亚胺基团的活性染料，用于标记蛋白质和其他生物分子的硫醇基团，是Cy7®马来酰亚胺的类似物。
