异硫氰酸荧光素（fluorescein isothiocyanate，FITC）
异硫氰酸荧光素(FITC) 是一种有机荧光染料，发射波长为520 nm的荧光染料，是目前常用的荧光标志物；它的激发波长接近488 nm，光量子得率高，但受pH影响较大。随着PH的降低而减弱，因此，在使用FITC时需格外注意溶液的酸碱度。
四甲基罗丹明-5(6)-异硫氰酸(TRITC)
四甲基罗丹明-5(6)-异硫氰酸(TRITC) 是经常与 FITC 同时使用的另一种染料，由波长为 550nm的绿色光谱中的光所激发，其发射波长为573 nm。TRITC (479 g/mol) 并非荧光素，而是罗丹明家族的衍生物，罗丹明也具有一个大的共轭芳香电子系统，正是该系统引发了它们的荧光行为。
花菁染料CY系列
CY系列染料是花菁染料的系列衍生物，包括CY2, CY3, CY5, CY5.5, CY7 等，CY染料标记的抗体易于黏附在单核细胞上，造成非特异性结合，但在粒细胞上的黏附程度低，非特异性染色少。
花菁染料可以通过其反应基团与核酸或蛋白相连。例如，采用了蛋白标记的马来酰亚胺基团。附着蛋白质的构象改变会导致荧光发射产生阳性或阴性变化。其中，Cy5 对其周边电子环境非常敏感，该特征可用于酶测定。此外，Cy3 和 Cy5 还可用于 FRET 试验。花菁染料是一种相对较老的荧光染料，但却是其他荧光染料在亮度、耐光性、量子产率等方面得以改善的基础。
