荧光标记就是用荧光基团特异性来标记细胞或者组织样品中所感兴趣的区域。常用的荧光标记方法有表达荧光蛋白、抗体偶联免疫荧光染料、细胞器及DNA特异性染料、离子敏感型荧光探针和双光子荧光染料等。
活细胞荧光标记选择——荧光蛋白：
GFP绿色荧光蛋白是在水母中被发现，GFP在蓝色光激发下，会产生绿色荧光。可以将外源基因与GFP DNA进行相连，GFP可以作为外源基因的报告基因实时监测外源基因的表达，对活细胞中的目的蛋白进行定位和动态观察。后来GFP经过科学家的改造，衍生出五颜六色的荧光蛋白。
荧光标记的方法：
免疫荧光是种常用的荧光标记方法，在抗体上偶联荧光基团，通过抗原抗体的特异性反应，进行荧光信号的特异性标记。对于表达量高的蛋白，可以在一抗上直接连接荧光基团进行标记，称之为直接标记法。然而大部分样品是采用一抗二抗两步的间接标记法进行信号放大，提升反应灵敏性。
那么多的抗体荧光材料，该如何选择呢？
（1）首先考虑荧光亮度。更亮荧光基团意味着可以用更低的激发光强度进行成像，可以更好的保护样品免受光损伤。
（2）其次考虑荧光基团的光稳定性即抗漂白能力。
（3再者，考虑设备兼容性。如果实验室现有的仪器无法检测所选择的荧光基团，必将浪费时间重新设计实验。
当样本需要进行多色标记的时候，尽量选择有多种颜色可选的染料，避免串色带来的实验误差。
