流式细胞术对荧光素的选择搭配有着很高的要求，尤其是对于多色实验来说，荧光素搭配效果直接影响到检测效果，所以各种荧光素偶联的抗体是必不可少的。荧光素的选择和搭配，通常会从以下5个方面进行考虑：
1.流式细胞仪的配置
仪器需配备可激发相应荧光素的激光管；对于多荧光素实验，仪器可同时检测多种细胞荧光。
2.染料的亮度与抗原表达量相适应
低表达量的抗原，推荐使用高亮度荧光素；高表达量的抗原，推荐使用低亮度荧光素。
3.荧光素之间的光谱重叠小化
尽量选择光谱重叠小的荧光素组合，如FITC/PE-Cy7；选择不同激光激发的荧光素组合，如FITC/APC、PE/APC。
4.避免复合染料联合使用带来的假阳性
(1)常见的复合染料有PE-Cy5、PE-Cy5.5、PE-Cy7、PerCP-Cy5.5、APC-Cy7等，复合染料的信号衰退会降低APC或PE的灵敏度。如果出现信号衰退，则：减少样本暴露于光、高温或固定剂；
(2)选择染料时考虑：复合染料的信号衰退会降低APC或PE的灵敏度，避免染料和其衍生物在同一细胞上标记。选择更稳定的tandem-dye（PerCp-Cy5.5）；
(3)如果样本需固定，选择稳定、可阻止复合染料信号衰退的固定剂多聚甲醛：冰上固定10min，离心除去多聚甲醛，将样品重悬于PBS中。
5.尽量使用红色激光激发自发荧光高的样本
每种细胞群都有不同水平的自发荧光。荧光通道均可观察到自发荧光，但自发荧光强度在波长较长时迅速降低。对自发荧光较强的细胞，选择红光激发，发射波长长的荧光素（如APC）可得到较好的S/N比值；对自发荧光比较弱的细胞，发射波长长的荧光素对S/N提高没有明显的改善，可选用FITC。
