蛋白标记的主要目的是监测生物过程、辅助检测（例如化合物的可靠定量、蛋白质修饰的特异性检测）或者纯化标记后的蛋白及其结合对象。蛋白质的标记能够提高检测灵敏度以及简化检测工作流程。
有多种蛋白质标记技术可以在蛋白质的丰度、位置、相互作用、翻译后修饰、功能，乃至监测活细胞中的蛋白质运输等问题。有多种类型的标记物和标记方式可供选择，下面简单介绍几种方法：
1代谢标记策略
代谢标记策略是一种体内标记方法，在这种方法中，细胞被“喂养”了化学标记的营养物，然后这些标记物被掺入新合成的蛋白质、核酸或代谢物中。然后，我们可以收集细胞并分离这些分子以获得细胞生物过程的全局视图。
2荧光标记策略
自发荧光蛋白、小分子荧光标志物染料、纳米晶体材料（即量子点材料）、小分子蛋白质标签等等这些材料都可以作为荧光标志物，结合荧光成像检测仪器可以对目标蛋白的表达情况、细胞中的定位情况、相互作用、活性状态等指标进行研究。
3其他标记
酶蛋白偶联物：以辣根过氧化物酶（HRP）和碱性磷脂酶（AP）为代表的酶标记物适用于与蛋白偶联并为免疫检测制备抗体偶联物。这两种标记物常被用于标记抗体后用作ELISA检测。
蛋白标记应用：
监测生物过程、辅助检测（例如化合物的可靠定量、蛋白质修饰的特异性检测）或者纯化标记后的蛋白及其结合对象。
蛋白质的标记能够提高检测灵敏度以及简化检测工作流程。
蛋白荧光标记已成为研究蛋白质互作、酶活性、活体示踪以及细胞分选重要工具。
