代谢标记策略是一种体内标记方法，在这种方法中，细胞被“喂养”了化学标记的营养物，然后这些标记物被掺入新合成的蛋白质、核酸或代谢物中。可以通过收集细胞并分离这些分子以获得细胞生物过程的全局视图。代谢标记策分为蛋白同位素标记和其他蛋白质代谢标记物两种方法。
蛋白同位素标记原理：蛋白同位素标记是一种蛋白示踪和蛋白组学定量技术，用天然同位素（轻型）或稳定同位素（重型）标记的必需氨基酸取代细胞培养基中相应氨基酸，这样细胞新合成的蛋白质可以在细胞生长期间通过掺入含有不同同位素的氨基酸进行标记。
其他蛋白质代谢标记物原理：如果不具备质谱实验条件，那么可以使用基于生物正交反应的代谢标记方法。在生物正交系统中，细胞被“喂食”标记有一些对天然生物反应基团无反应的化学基团的分子结构单元。添加含有该基团的反应配偶体的外源性化合物引发化学反应，将标记的生物分子偶联至所需的官能团。
