将Cy5 NHS置于溶液中可观察到荧光染料的荧光，这是因为Cy5 NHS具有较强的光吸收和荧光强度。而荧光染料则是在受到荧光染料基团或分子的激发后，其激发光（光）经过一个完整的荧光路径而不是之前受到激发。
在荧光染料中加入特定的有机化合物会影响染料本身，使其发光，这就是Cy5 NHS。该染料存在着很强的光吸收效应和生物荧光现象并不能用来作为荧光染料使用，而是作为检测染料使用的，所以一般需要用荧光染料或对荧光染料来进行荧光检测。
利用荧光染料的特点，对多种常见的物质进行检测。常用的有Cy5 -NHS (氨基反应性荧光染料）的荧光灵敏度较高，因此应用：
1、适用于某些蛋白质的定量检测；
2、对于非特异性检测物质如淀粉糖等的定量检测也很有效。
3、也有检测多种化合物、蛋白质等化合物的方法。
4、也有用Cy5 NHS进行糖类含量和蛋白质含量的定量检测。
CY3-Adamantane
Cy3-ADIBO
CY3-Alginate
Cy3-alk
CY3-Angiopep-2
CY3-Asn-Gly-Arg
CY3-avidin
Cy3-BOC-hydrazide
CY3-C6-N3
CY3-calcitonin
CY3-Casein
CY3-CDCA
CY3-CHEMS
CY3-Chitosanoligosaccharide
CY3-CHO
CY3-Cholesterol
CY3-Cisplatin
CY3-ConcanavalinA
Cy3-COOH
CY3-CPPs
CY3-CTT2
CY3-Cyclodextrin
Cy3-DBCO
CY3-Deoxycholicacid
Cy3-Dichlorotriazine
CY3-DNA
