（1）荧光基团（Fluorophore）：当识别基团和目标分析物相互作用时能够引起化学环境的变化。而荧光基团能将这种变化转化为仪器能够探测的信号或者是人所能感知的信号。例如：光谱变化或者颜色的改变等。
水溶性近红外染料 sulfo-Cyanine7，一种与胺反应的琥珀酰亚胺酯。Sulfo-Cyanine7 是 Cy7荧光团的改进类似物，量子产率提高了 20%，光稳定性更高。这种荧光染料特别适用于 NIR 成像
Cy染料的摩尔消光系数大，吸收及发射光谱位于 600-1000纳米的近红外区，可以避免生物分子本体的荧光背景干扰，因此用于生物探针与细胞显影等领域。
氟硼二吡咯类荧光染料除具有高荧光量子产率，较窄的荧光光谱半峰宽以及较好的稳定性外，对其核心结构进行电化学修饰可以改变和调控染料分子的电化学信号。引入相应的修饰基团可以使氟硼二吡咯类染料的发射波长达到近红外区域（600-800 纳米）。
青染料是在两个氮原子之间含有聚次甲基桥的分子，带有离域电荷，多年来一直用作生命科学中的染料。自从 Cy3、Cy5 和 Cy7 在 1990 年代初作为琥珀酰亚胺酯上市销售以来，花青染料开始广泛用作核酸标记。
Cyanine3 tetrazine 是一种带有四嗪部分的荧光染料，用于称为 TCO（反式环辛烯）连接的偶联反应。实际上，四嗪不仅与反式环辛烯反应，而且与（甲基）环丙烯和应变的非苯并稠合环炔反应。Cyanine3 是一种中等疏水性染料，能够在非水环境以及含有一些有机助溶剂（如乙腈或 DMSO）的水介质中进行标记。对于在纯水介质中的反应，可以使用该试剂的磺化形式。
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硅基罗丹明SIR（silicon rhodamine）染料是一种深红色近红外荧光染料、细胞渗透性强、高特异性的DNA探针。具有优异光物理性质、良好的生物相容性，在保留了罗丹明荧光染料优越的光学性质的同时，光谱发生明显红移，满足了近红外荧光检测的要求，其激发波通常长大于600 nm，发射波长位于近红外区约680 nm。
FAM（fluorescein）羧基荧光素是一种比较古老的通用荧光染料，可用于显微镜、qPCR和许多其他方法，以及基于FRET和基于荧光偏振的结合分析。
磺化Cy3是Cy3(Cyanine 3)的水溶型。它的光谱性质和Cy3类似，在荧光显微镜下发橘黄色荧光。
