荧光染料的激发波长需要与可用的激光匹配。同时，荧光染料的激发波长还需与可用的滤光片匹配，并且要考虑滤光片可允许通过的波长。
科研常见的荧光染料都有特定的激发和发射光谱。细胞可被多种荧光偶联抗体、荧光染料及荧光蛋白标记。激光器发射特定波长的激光，从而为荧光染料提供不同波长的激发能量。
染料可以被一定宽度波长范围内的光激发，染料激发时最高吸收峰波长就是激发峰，同样发出的荧光也是一个宽泛范围的荧光，最强的荧光波长即是发射峰。染料用激发峰波长的光照射时荧光最强，同样，在发射峰左右检测光信号时，最明亮最灵敏。每种染料都有特定的Ex/Em值，但是在不同溶剂（水溶剂 vs 有机溶剂）中，测得的Ex/Em值可能会不一样，另外不同仪器上测量可能会有轻微偏差。
亲和素(Avidin)又称亲合素，抗生物素，是由4个分子量为16kDa的亚单位组成的糖蛋白，每单位可结合1ug的生物素(Biotin)。
