蛋白荧光标记技术是利用级联放大反应原理，将敏感性且易于检测的荧光素通过某个基团吸附或共价结合后，标记到特异性抗原或抗体分子上，应用荧光显微镜观察荧光标记物因增强放大效应而产生颜色、光谱等变化，以分析示踪相应抗体或抗原性质与含量的方法。
在绿色荧光蛋白被发现后，科学家从珊瑚虫中分离出了能在紫外照射下发出红色荧光的蛋白质—红色荧光蛋白 (RFP) 。相比于GFP，它有更高的荧光强度，成像背景低，并能激发和发射更长的波长。
菁染料(Cyanine)简称Cy，即花菁素系列荧光染料，是具有多聚次甲基桥链化学结构特点的一类合成荧光染料。菁染料Cy分为脂溶性Cy染料、水溶性Cy染料。
蛋白标记的主要目的是监测生物过程、辅助检测（例如化合物的可靠定量、蛋白质修饰的特异性检测）或者纯化标记后的蛋白及其结合对象。蛋白质的标记能够提高检测灵敏度以及简化检测工作流程。
代谢标记法标记蛋白荧光及其应用
星戈瑞简介代谢标记策略法制备荧光蛋白标记技术
生物素标记蛋白可以解决蛋白质的丰度、位置、相互作用、翻译后修饰、功能，乃至监测活细胞中的蛋白质运输等问题。
荧光蛋白的改造工作主要集中于提高荧光蛋白的亮度，改变Stokes位移(指激发峰与发射峰之间的距离)和光谱特性，以及寻找新型光转换/光激活荧光蛋白等方面。
BODIPY类荧光染料的几种光化学物理性能
氟硼荧光染料是一种新型的荧光化合物，其具有优良的光学性质和生物相容性。在生物体内能稳定存在，容易进行修饰，常用于标记蛋白质和DNA中。
