常见的荧光染料就有：异硫氰酸荧光素(FITC)、藻红蛋白（PE）、AlexaFluor系列、Cy系列染料等等。其中吲哚类菁染料Cy3是一种发橘黄色荧光的花菁素荧光染料，把Cy3包裹到硅纳米颗粒中，可以提升其性能，再与多肽修饰，可以用来制备核壳纳米颗粒的内核材料。
Bodipy氟化硼二吡咯类荧光染料相对比于荧光素、罗丹明或者菁染料有着较高的量子产率、高摩尔消光系数、光学稳定性和对PH不敏感被应用于生物标记、荧光探针及生物成像。
6-FAM（6-羧基荧光素）含有一种羧酸，可通过羧酸的碳二亚胺活化与伯胺反应。荧光素是常见的标记生物分子的荧光衍生试剂。
5(6)-Carboxyfluorescein (5(6)-FAM) 是一种胺反应性 pH 敏感的绿色荧光标记物。5(6)-Carboxyfluorescein 可用于标记蛋白质、多肽和氨基酸。5(6)-Carboxyfluorescein 可用于体内实验肿瘤位置检测。
5-FAM SE 是一种单一异构体，是一种用于标记肽，蛋白质和核苷酸的荧光标记试剂。5-FAM SE 可以与胺反应，并可以产生稳定的胺结合物。
CY3-Avidin溶于PBS(pH7.3)中，蛋白浓度≥1mg/ml，含有稳定剂，可用于生物素及生物素化标记物的检测与分析。
Cy7荧光标记抗体/蛋白试剂盒可以通过抗体/蛋白上的伯胺基团（如赖氨酸），简单、快速地实现抗体/蛋白与荧光染料的共价偶联。此为通用型试剂盒，适合Cy7荧光标记各种分子量不一致的抗体/蛋白。偶联在30分钟内即可完成，偶联效率可达70%左右。使用超滤管纯化，可快速去除多余的Cy7荧光染料，且不会损失抗体/蛋白。
Cy5荧光标记抗体/蛋白试剂盒可以通过抗体/蛋白上的伯胺基团（如赖氨酸），简单、快速地实现抗体/蛋白与Cy5荧光染料的共价偶联。此为通用型试剂盒，适合Cy5荧光标记各种分子量不一致的抗体/蛋白。偶联在30分钟内即可完成，偶联效率可达70%左右。使用超滤管纯化，可快速去除多余的Cy5荧光染料，且不会损失抗体/蛋白。
Cy5.5荧光标记抗体/蛋白试剂盒可以通过抗体/蛋白上的伯胺基团（如赖氨酸），简单、快速地实现抗体/蛋白与Cy5.5荧光染料的共价偶联。此为通用型试剂盒，适合Cy5.5荧光标记各种分子量不一致的抗体/蛋白。偶联在30分钟内即可完成，偶联效率可达70%左右。使用超滤管纯化，可快速去除多余的Cy5.5荧光染料，且不会损失抗体/蛋白。
Cy3荧光标记抗体/蛋白试剂盒可以通过抗体/蛋白上的伯胺基团（如赖氨酸），简单、快速地实现抗体/蛋白与Cy3荧光染料的共价偶联。此为通用型试剂盒，适合Cy3荧光标记各种分子量不一致的抗体/蛋白。偶联在30分钟内即可完成，偶联效率可达70%左右。使用超滤管纯化，可快速去除多余的Cy3荧光染料，且不会损失抗体/蛋白。
