Cyanine3（CY3）、Sulfo-CY3、Cyanine5（CY5）、Sulfo-CY5、Cyanine7（CY7）、Sulfo-CY7
荧光染料,由于灵敏度高,操作方便,逐渐取代了放射性同位素作为检测标记,其常应用于荧光免疫,荧光探针,细胞染等。包括特异性DNA染色,用于染色体分析、细胞周期、细胞凋亡等相关研究。
常见的菁染料是有奇数个碳原子组成的共轭甲川链连接两个氮原子中心构成的染料分子，该类分子的吸收峰较窄且摩尔消光系数较高。但常用的Cy3染料的吸收光谱和发射光谱处于可见光区。据文献报道，在菁染料的共轭甲川链中加入一个烯基（CH2 =CH2）可以使分子荧光光谱红移约100 nm，增加N原子数目可能会导致荧光染料发生红移。
氟硼吡咯染料（BODIPY 类染料）结构如图所示，作为一种常见的近红外荧光染料，具有摩尔消光系数高、光稳定性好、结构易于修饰、对极性和pH不敏感、吸收峰和发射峰较窄以及荧光量子产率高等优点，被应用于生物成像技术。
硅-罗丹明是用二甲基硅基替换四甲基罗丹明母核中的氧原子得到的一类具有长发射波长、光稳定性好的荧光染料、以及标记时荧光背景低的荧光染料。SiR染料最大激发波长 652 nm，最大发射波长674 nm，处于红外光区；光稳定性好，可应用于高分辨成像；在溶液中常处于闭环状态，因而标记时荧光背景非常低。
异硫氰酸荧光素(FITC) 是一种有机荧光染料，这种荧光染料用于免疫荧光和流式细胞术中。在495/517nm处，该染料会产生激发/发射峰值，并可借助异硫氰酸盐反应基团与不同抗体结合，该基团可以和蛋白质上的氨基、巯基、咪唑、酪氨酰、羰基等基团相结合。
Cy (Cyanine)系列,也叫菁染料，即花青素系列荧光染料是具有多聚次甲基桥链化学结构特点的一类合成荧光染料。Cy染料的消光系数非常高，桥链长度和两端的发色团直接控制着染料的吸收峰和发射峰值。菁染料Cy系列常分为脂溶性Cy染料、水溶性Cy染料。
6-FAM SE是羧基荧光素的同分异构体。6-FAM SE主要被用于核酸测序和标记核苷酸。
5(6)-FAM SE是一色胺反应的绿色荧光染料，可应用于蛋白质标记。
5-FAM叠氮化物是通过与炔基反应开发荧光生物共轭物的良好试剂。 5-FAM是羧基荧光素的纯化单一异构体。
