荧光标记就是用荧光基团特异性来标记细胞或者组织样品中所感兴趣的区域。常用的荧光标记方法有表达荧光蛋白、抗体偶联免疫荧光染料、细胞器及DNA特异性染料、离子敏感型荧光探针和双光子荧光染料等。
荧光探针是能对特定刺激（如温度、pH、特定物质或离子等）产生响应或对生物标本特定区域进行定位的荧光团（荧光染料）。
荧光光谱是把荧光的能量--波长关系作出来的关系图，所以想要了解荧光的特点首先就要了解荧光光谱。
常见的抗体标记主要有酶标记、荧光素标记、同位素标记、生物素标记等，还有一些其他的标记方法例如金标记，星戈瑞简要介绍辣根过氧化物酶(HRP)标记。
当FITC在碱性溶液中与抗体、蛋白反应时，主要是蛋白质上赖氨酸的ε-氨基与荧光素的硫碳胺键(thiocarbmide)结合（形成硫碳氨基键），形成FITC-蛋白质结合物，即荧光抗体或荧光结合物。
当FITC在碱性溶液中与抗体、蛋白反应时，主要是蛋白质上赖氨酸的ε-氨基与荧光素的硫碳胺键(thiocarbmide)结合（形成硫碳氨基键），形成FITC-蛋白质结合物，即荧光抗体或荧光结合物。
异硫氰酸荧光素(FITC) 是一种有机荧光染料，发射波长为520 nm的荧光染料，是目前常用的荧光标志物；它的激发波长接近488 nm，光量子得率高，但受pH影响较大。随着PH的降低而减弱，因此，在使用FITC时需格外注意溶液的酸碱度。
流式细胞术对荧光素的选择搭配有着很高的要求，尤其是对于多色实验来说，荧光素搭配效果直接影响到检测效果，所以各种荧光素偶联的抗体是必不可少的。
荧光素按激发光波长来分，主要是激发波长为375nm、405nm、488nm和633nm四类。其中，常用的是激发波长为488nm和633nm的荧光素，如FITC、PE、APC、PI等。
罗丹明是一种邻苯二酚类荧光染料，主要用于生物染色，其是一类化合物总称，包括罗丹明B，罗丹明123等。
